Durante los primeros siglos de historia de la Iglesia, los obispos de Roma continuaban usando su nombre de pila tras su elección. La costumbre de utilizar un nuevo nombre comenzó en 533, cuando Mercurio consideró inapropiado para un papa llamarse igual que el dios pagano romano Mercurio, y adoptó el nombre de Juan II en honor a un predecesor, Juan I, que era venerado como mártir. En el siglo X, los clérigos procedentes del otro lado de los Alpes, especialmente de Francia y la actual Alemania, cambiaron sus nombres nativos por otros más tradicionales.
El último papa en utilizar su propio nombre fue Marcelo II en 1555, una decisión que ya entonces era algo excepcional. Los nombres son elegidos libremente por los papas, y no se basan en ningún sistema. Se han utilizado nombres de predecesores inmediatos o distantes, mentores, santos, o incluso familiares, como en el caso de Juan XXIII, que escogió este nombre en honor a su padre y a Juan el Bautista, el santo patrón de su pueblo natal.
En 1978, el cardenal Albino Luciani fue el primer papa de la historia en escoger un nombre compuesto, Juan Pablo I, en honor a sus dos predecesores: Juan XXIII, que le nombró obispo; y Pablo VI, que le nombró patriarca de Venecia y cardenal. Juan Pablo I también fue el primer papa en más de mil años (desde Landón en 913) en escoger un nombre inédito. Tras la muerte de Juan Pablo I apenas un mes después de su elección, el cardenal Karol Wojtyła fue elegido papa y, deseando continuar la línea establecida por su predecesor, escogió el nombre de Juan Pablo II en su honor. En 2013 se añadió un nuevo nombre: al ser elegido, el cardenal Jorge Mario Bergoglio escogió el nombre de Francisco para enfatizar el espíritu de humildad de san Francisco de Asís.[1]
A menudo, la elección del nombre es vista como una indicación de a quién va a emular el nuevo papa, qué políticas va a seguir, o incluso la duración de su pontificado. Este fue el caso de Benedicto XVI, quien escogió su nombre para emular a Benedicto XV, además de para señalar que el pontificado de Benedicto XV, de siete años y medio, fue relativamente corto. El propio pontificado de Benedicto XVI, que finalizó con su renuncia el 28 de febrero de 2013, también duró menos de ocho años.
El primer papa fue san Pedro, y ningún papa ha escogido el nombre de Pedro II, aunque no existe ninguna prohibición de hacerlo. Desde los años 70, algunos antipapas sí han tomado el nombre de Pedro II.
Probablemente debido al controvertido antipapa del siglo XV conocido como Juan XXIII, este nombre se evitó durante más de 500 años hasta la elección de Angelo Roncalli en 1958. Tras su elección, no se sabía con certeza si su nombre sería Juan XXIII o Juan XXIV, hasta que él afirmó que su nombre era Juan XXIII. El número usado por un antipapa no suele incluirse en las listas.